Die große Vielfalt an DNA-Dienstleistungen wird in drei eigenen zertifizierten Labors durchgeführt. Unsere DNA-Untersuchungen konzentrieren sich auf Tiere, Pflanzen und Mikroorganismen und umfassen unter anderem Biobanken, Genotypisierung und DNA-Extraktion. Die Technologien umfassen unter anderem KASP, Real-time PCR, Kapillarelektrophorese, Illumina BeadChips, Affymetrix Arrays und Targeted Genotyping by Sequencing von Thermo Fisher Scientific.
DNA Extraktion
Die DNA-Extraktion wird mit Hilfe von Robotern durchgeführt, die DNA aus verschiedenen Probenmaterialien isolieren können. In erster Linie dient dies dem eigenen Gebrauch innerhalb der Laboratorien. Diese Techniken stehen jedoch auch Kunden zur Verfügung, die Unterstützung bei Projekten (Universitäten) benötigen, oder für die Pflanzenzüchtung bei saisonalen Peaks oder z.B. für die Speicherung von DNA in einer Biobank (Rind).
In Abhängigkeit vomKundenauftrag kann bei der DNA-Isolierung eine hohe oder niedrige Ausbeute erzielt werden. RNAse-Behandlung und Quantifizierung sind ebenfalls möglich.
Genotypisierung einzelnerSNPs/InDels; KASP
KASP (Kompetitive allelspezifische PCR) ist eine PCR-Technologie, die zu einer optimierten, individuellen DNA-Typisierung verwendet wird. Mittels sogenannter FRET-Kassetten können mit dieser Technik DNA-Marker (SNPs und InDels (Insertionen/Deletionen)) in großem Maßstab typisiert werden. Im Gegensatz zu anderen PCR-basierten Techniken könnenfür die KASP-Reaktionenpreiswerte, unmarkierte spezifische Primer verwendet werden. Damit bietet KASP große Flexibilität in Bezug auf Design und Genotypisierung von DNA-Markern. Dies führt im Vergleich zu anderen DNA Technologien in den meisten Fällen zu einer höheren Erfolgsrate. KASP eignet sich auch hervorragend für die Untersuchung großer InDels, die als MegaDels bezeichnet werden.
Die KASP-Technologie ist hauptsächlich für die Typisierung von 1 - 100 DNA-Markern gedacht.
Genotypisierung durch Sequenzierung; Targeted GBS
Die “Next Generation Sequencing” Technologie eröffnet vielfältige Möglichkeiten der Genotypisierungdurch Sequenzierung. TGBS gewinnt als kosteneffiziente Technologie an Bedeutung und Umfang und ist in vielen Routineanwendungen in der Pflanzen- und Tierwelt anwendbar.
Mit der “Next Generation Sequencing“ Technologie kann die Sequenzierung in großem Umfang durchgeführt werden. Dies geschieht durch die gleichzeitige Typisierung von hunderten bis tausenden Proben. In einer einzelnen Analyse werden hunderte bis tausende DNA-Marker bestimmt. Bis vor kurzem konzentrierte sich diese Technologie hauptsächlich auf Forschung und Entwicklung. Erst 2017 wurde der Durchbruch zu Routineanwendungen geschafft. Unter dem Markennamen Ion Torrent werden Halbleiterchips für die Sequenzierung verwendet. Diese Technologie ermöglicht es, DNA Tests gleichzeitig aus unterschiedlichen Bereichen wie z.B. Markergestützte Selektion, Erbmerkmale, genetische Marker, Identitätsnachweis und verschiedene Merkmale auf dem Gebiet der Agrigenomik durchzuführen.
Die TGBS Technologieist hauptsächlich für die Typisierung von 100 – 5,000 DNA Markern gedacht.
Array und BeadChip Genotypisierung
Zwei Techniken stehen zur Verfügung, um eine große Anzahl von DNA-Markern pro Probe zu typisieren. Dies sind die IlluminaBeadChipsund dieAffymetrix Genom Arrays. Beide Verfahren beruhen auf DNA Chips, wobei die DNA Marker im Mikromaßstab typisiert werden. Dabei werden viele tausend Marker gleichzeitig analysiert. Beide Techniken stehen als Routineanwendungen zur Verfügung, wobei neben den festgelegten Markersätzen auch eigene DNAMarker hinzugefügt werden können. Eine Liste der festen Markersätze finden Sie auf unseren Markenwebsites. Die Technologie eignet sich prinzipiell zur Typisierung der Kopienzahlvariation (CNV-Erkennung).
Die Array- und BeadChip-Technologie konzentriert sich in erster Linie auf Anwendungen in der Größenordnung von 5.000 - 1.000.000 DNAMarkern pro Probe.
Mikrosatelliten (STR) Genotypisierung
Diese Technik zur Bestimmung der Länge eines DNA Markers wird seit 1980 angewendet. Sie wird in großem Umfang zur Analyse der sogenannten Short Tandem Repeats (STRs) benutzt. STRs werden gewöhnlich als Mikrosatelliten bezeichnet. Ein Satz von 15 bis 25 Mikrosatelliten wird in der Regelzum Abstammungsnachweis oder für andere Formen der Verwandtschaftsanalyse verwendet.
Die Technik basiert auf einer PCR-Reaktion, die anschließend mit Hilfe der Kapillarelektrophorese analysiert wird. Aufgrund der umfangreichen Erfahrung mit Mikrosatelliten innerhalb unserer Firmengruppe werden eigene Markersätze für Pflanzen und Tiere entwickelt. Die drei Laboratorien in den Niederlanden, Belgien und Deutschland sind erfahrene, führende DNA-Dienstleister. Durch die Kooperation mit unseren spezialisierten Händlernund anderen starken Partnern bieten wir DNA-Dienstleistungen weltweit mit exzellentem Service vor Ort an.